L'origine du Bunya-Ningyo est la même que celle du Bunraku. Le sort des deux théâtres se sépare en 1670 à Osaka. Le chanteur de Jôruri, Okamoto Bunya qui donna son nom aux marionnettes, fut évincé par Gidayu, fondateur du Bunraku. Il partit d'Osaka et parcourut le pays avant d'aller se réfugier sur l'île de Sado. Là, sa technique subsiste. Les marionnettes sont manipulées par un seul montreur. Les bras ne sont pas attachés au corps et le manipulateur passe directement la main dans la manche de la poupée et tient une tige terminée par des doigts rigides. La morphologie et la construction des marionnettes sont les mêmes que pour le Bunraku. Le répertoire est basé sur les récits épiques du passé.